柳州市第四十六中学创办于2002年6月6日，由原柳州铁路第一中学初中部和柳州铁路第三小学合并组建成的一所九年义务教育一贯制学校，命名为“柳州铁路实验学校”。

　　2004年9月，柳铁中小学与企业分离划归柳州市管理；2005年4月，学校更名为“柳州市第四十六中学”（含附属小学）；2017年9月，经柳南区政府批准，挂牌成立柳州市第四十六中学教育集团。

　　近三年来，学校集体和学生团体荣获地国家、自治区、市级以上荣誉近20多次，教师获奖110多人次，学生获奖500多人次。

　　学校曾经获全国青少年科技创新大赛一等奖和“茅以升少年科学奖”专项奖、全国青少年机器人竞赛一等奖、NOIP全国优秀参赛学校、广西中小学教育信息化建设先进集体、中央电化教育馆与甲骨文教育基金会ThinkQuest英文叙事竞赛自治区级优秀组织奖等。先后荣获“广西廉政文化建设示范点”、“柳州市平安校园” 等称号。2017—2018学年度荣获柳南区“教育教学常规管理” 一等奖，柳南区“创特争优”二等奖。